Educado en la escuela militar de Nápoles, fue comisionado en el regimiento de refugiados corsos bajo el mando de su padre. Mas tarde seria el líder de la independencia corsa contra el dominio genovés a partir de 1755. En 1768 la isla paso a manos francesas y poco tiempo después fue derrotado en Ponte-Novo. Una vez dada la causa por perdida se exilio en Inglaterra. Durante este tiempo la figura de Paoli es idealizada por Napoleón Bonaparte. Cuando Paoli en su exilio le empezaron a llegar las noticias de la revolución creyó que había llegado su momento y en julio de 1790 volvió a la isla . Los hermanos Bonaparte corrieron a ponerse al servicio del heroe idealizado pero este les pago con su indiferencia. A pesar de esto José y Napoleón le apoyan en un principio pero los acontecimientos les van distanciando y el enfrentamiento se hace latente en 1793 cuando los Bonaparte tienen que salir precipitadamente de la isla. Por estos tiempos Paoli esta tramando con los británicos un plan para la independencia de la isla y tropas británicas llegan a la isla en 1794 en 1795 será derrotado de nuevo y a continuación se exilia a Londres hasta el fin de sus días con una pensión del gobierno británico.