Las joyas, objetos valiosos y las monedas del tesoro de la Orden y las iglesias son saqueadas; la plata es fundida en barras y embarcada. Unos días después Napoleón ya tiene una fortuna que se eleva a un cuarto de millón de libras. Posteriormente la Orden será expropiada de sus tierras y rentas.

El 12 de junio se firman los acuerdos de capitulación: Malta pasará a ser parte de la República de Francia, el Gran Maestre recibirá una compensación de 300.000 francos, aunque deberá ceder los puestos de poder a los caballeros de origen francés. Las propiedades de los miembros de la Iglesia católica y la Orden serían respetadas.El 10 de junio, los infantes franceses desembarcan en Gozo, la bahía de San Julián y Marsaxlokk; la isla es ocupada rápidamente, excepto La Valeta. Bonaparte ofrece al Gran Maestre un armisticio de un día para rendir la capital. El 9 de junio de 1798 la flota francesa recala en Malta so pretexto de repostar agua para la flota. El Gran Maestre de la Orden de Malta, Hompesh, consiente  que Napoleón amarre el buque insignia L´Orient y permite que desembarque en un pequeño bote visitando el litoral y las fortificaciones.